KEGG通路图阅读教程
KEGG通路图是一种图形化表示，可以用来可视化和描述生物系统中的信息流和相互作用。它可以帮助我们更好地理解生物系统的结构和功能。以下是KEGG通路图的阅读方法：
1. 通路图结构
KEGG通路图是由节点和边组成的网络。节点代表物质或分子，如蛋白质、酶和代谢产物等；边代表物质之间的反应或相互作用。每个节点都有一个唯一的编号，可以用来查找相关的信息。
2. 节点类型
KEGG通路图中的节点有多种类型，包括：
- 酶：酶节点用红色表示，其编号以“ec”开头；
- 代谢物：代谢物节点用蓝色表示，其编号以“cpd”开头；
- 转录因子：转录因子节点用绿色表示，其编号以“tf”开头；
- 调控因子：调控因子节点用黄色表示，其编号以“tf”开头；
- 蛋白质：蛋白质节点用紫色表示，其编号以“pr”开头；
- 基因：基因节点用灰色表示，其编号以“gene”开头；
- 小分子：小分子节点用橙色表示，其编号以“sm”开头。
3. 边类型
KEGG通路图中的边也有多种类型，包括：
- 反应边：用虚线表示，表示反应；
- 调控边：用实线表示，表示调控；
- 相互作用边：用双实线表示，表示蛋白质之间的相互作用。
4. 阅读KEGG通路图
KEGG通路图可以帮助我们更好地理解生物系统的结构和功能。我们可以通过节点和边的类型来分析通路图，找出不同物质之间的反应和相互作用，并了解它们在系统中的联系。